Exemples d'utilisation de Ubiquitinated en Français et leurs traductions en Danois
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Figure 2: Purification en deux étapes des protéines ubiquitinated.
Figure 3: Identification des protéines ubiquitinated(adaptée de Bonacci et al. 7).
Les protéines identifiées avec un score supérieur à 50% sont considérées comme des protéines ubiquitinated(figure 3A).
Identification des protéines ubiquitinated par soustraction de fond(échantillons de GFP).
Ces étiquettes permettent la purification de l'ubiquitine et donc des protéines ubiquitinated des cellules.
Le PCNA était l'une des protéines les plus ubiquitinated sur le traitement de gemcitabine détecté par l'analyse de spectrométrie de masse(figure 4A).
Des bandes de marqueurs de poids moléculaires peuvent être utilisées pour estimer la quantité de protéines exécifiées ubiquitinated.
(B) Tableau montrant les 20 meilleures protéines ubiquitinated parmi les 364- total identifiés.
(C) Repartition des protéines ubiquitinated et des protéines totales des cellules de MiaPaCa- 2 dans les processus biologiques(Valeurs'gt; 1.5% ont été considérés seulement).
Comme nous l'avons montré, la proportion de protéines non spécifiques par rapport aux protéines ubiquitinated devient trop importante en dessous du score de 50.
Lorsqu'elles sont prêtes,les protéines ubiquitinated sont purifiées à partir de 6HF- ubiquitine et de cellules témoins GFP, en utilisant le protocole de purification en deux étapes(Figure 2A).
Cette étape qui élimine essentiellement les protéines de fond(GFP) des échantillons d'ubiquitine a conduit à l'identification de 364 protéines significativement ubiquitinated(Figure 3B)7.
Cependant, même si 6HF- udiquitin ne peut pas être ubiquitinated sur son premier résidu de Met, il a toujours la capacité de mettre fin à ce genre de chaîne.
La présence de l'étiquette 6His permet une première étape de purification dans un état totalement dénaturant évitant ainsi toute co- purification des protéines contenant des domaines de liaison d'ubiquitine oud'autres protéines se liant aux ubiquitinated.
Le résultat montré dans la figure 6 a confirmé qu'en effet PCNA est fortement ubiquitinated en réponse au traitement de gemcitabine dans les cellules de MiaPaCa- 2.
Cette analyse révèle la contribution réelle de ces protéines ubiquitinated dans des processus spécifiques tels que la traduction ou la protéolyse par exemple(Figure 3C).
Il s'agit d'un problème technique rencontré par plusieurs autres approches basées sur la purification d'affinité des protéomes ubiquitinated utilisant des anticorps spécifiques5 ou des éléments de liaison d'ubiquitine de tandem (TUBEs)6.
Ensuite, il est possible d'effectuer une analyse d'enrichissement des ensembles de gènes(GSEA) de ces protéines ubiquitinated afin de mettre en évidence les processus biologiques dans lesquels ils sont impliqués(Figure 3C), leurs fonctions moléculaires, leur compartiment cellulaire, ou toute autre catégorisation de l'ontologie génique.
Par exemple, l'enrichissement diGly d'un lysate dipéicopique identifiera principalement les protéines ubiquitinated mais également neddylated, car Nedd8 laisse la même signature de diGly restante que l'ubiquitin fait11.
Les protéines ayant la plus forte quantification dans l'échantillon d'ubiquitine par rapport à l'échantillon de GFP sont les plus susceptibles d'être ceux vraiment ubiquitinated et l'application des formules décrites dans les méthodes ci- dessus permet leur classification en donnant un score de confiance de 0 à 100%.