Voorbeelden van het gebruik van Openprot in het Nederlands en hun vertalingen in het Spaans
{-}
-
Colloquial
-
Official
-
Medicine
-
Financial
-
Ecclesiastic
-
Ecclesiastic
-
Official/political
-
Computer
-
Programming
Opmerking: OpenProt biedt drie categorieën: RefProt, Isoforms en AltProt.
Gebruikers kunnen bekijken voor vertaling bewijs op de OpenProt website.
Houd er rekening mee dat OpenProt afdwingt dat een minimale lengte van de ORF van 30 codonen15.
Tabel 1: Definitie van termen die worden gebruikt in OpenProt en in het gehele protocol.
Referentie ORF(RefORF) canonieke ORF geannoteerde in genoom aantekeningen en OpenProt.
Met deze benadering steunt OpenProt proteomic ontdekkingen in een meer systematische wijze.
OpenProt is over het algemeen een vrij beschikbaar hulpmiddel dat proteomic ontdekkingen zullen bevorderen.
Omwille van de statistische en computationele houdt OpenProt nog steeds de drempel van een minimale lengte van 30 codonen15.
Opmerking: OpenProt biedt een meer uitputtende proteomic landschap door het combineren van meerdere aantekeningen.
Alternatieve ORF(AltORF) niet-canonieke ORF momenteel niet geannoteerd in genoom aantekeningen,maar geannoteerde in OpenProt.
OpenProt_all database bevat devolgorde van alle RefProts en nieuwe eiwitten voorspeld door OpenProt.
Voor een betere leesbaarheid, zijn alle termen die worden gebruikt in OpenProt, en hierbij in dit protocol omschreven in tabel 1.
OpenProt is vrij toegankelijk en biedt aangepaste downloads van proteïne sequenties tussen 10 soorten.
We zullen ook het gebruik van de website OpenProt voor verdere informatie te verzamelen over nieuwe eiwitten ontdekt door MS.
OpenProt is de eerste database te houden een polycistronic aantekening model voor eukaryotische transcriptomes.
Klik niet op elke doos teverkrijgen van een tabel met alle soorten eiwit ondersteund door OpenProt: RefProt, Isoforms en AltProts.
Als het gebruik van de hele OpenProt database wordt geleverd met een strenge FDR, kunnen ware identificaties worden verloren.
Referentie-eiwit(RefProt) eiwit momenteel geannoteerde in eiwit sequentie databases zoals UniProtKB, Ensembl of NCBI RefSeq,en ook in OpenProt.
Nu, OpenProt maakt meer uitputtende eiwit identificatie omdat het proteïne sequenties van meerdere transcriptome aantekeningen vestigt.
Opmerking: Deze werkstroom zal toevoegen van de repository CRAPome aan de OpenProt fasta en lokvogel sequenties(omgekeerde sequenties)24te genereren.
Momenteel meldt OpenProt alleen vertaling gebeurtenissen als zij betrekking hebben op de gehele voorspelde eiwit sequentie(100% overlap)15.
Een deel van deze voorspelde dat ORFS zou willekeurige en niet-functionele,dat is waarom OpenProt cumulates experimentele en functionele bewijs om vertrouwen te vergroten.
Gebruik van de website van OpenProt, kan men dit eiwit was niet ontdekt door MS noch ribosoom profilering tot nu(OpenProt v1.3).
OpenProt biedt de mogelijkheid om te downloaden van verschillende databases, uit die alleen goed ondersteunde eiwitten tot op maat gemaakte databases bevatten.
Opmerking: Zodra een vertrouwen identificatie van een roman eiwit voorspeld door OpenProt(toetreding nummers beginnen met IP_ voor AltProts en II_ voor roman Isoforms) geboekt, meer biologische informatie kan worden verzameld uit de OpenProt website15.
OpenProt_1pep database de volgorde van alle RefProts en nieuwe eiwitten voorspeld door OpenProt, al ontdekt met een minimum van 1 unieke peptide bevat.
Maak een nieuwe geschiedenis en importeer alle gedownloade OpenProt databases(één per sub lijst van genen of afschriften) door te klikken op het logo van de upload aan de linker bovenkant van het scherm.
OpenProt_2pep database bevat de volgorde van alle RefProts ennieuwe eiwitten voorspeld door OpenProt, al ontdekt met een minimum van 2 unieke peptiden.
OpenProt voorspelt momenteel sequenties die beginnen met een ATG-codon, overwegende dat verscheidene studies vertaling inleiding op andere codonen44,45 blijkt.